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Arrêt de travail Indépendants : quelle indemnisation et quelles démarches ?

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Écrit par Lily le 11 Jan 2024

Artisans, commerçants, professions libérales ou auto-entrepreneurs, vous n’êtes pas à l’abri d’un pépin de santé ou d’un accident vous empêchant d’exercer votre activité. En tant que travailleur indépendant, un arrêt maladie peut être lourd de conséquences. L’impossibilité de travailler peut entraîner une perte de revenus parfois importante selon la durée d’indisponibilité.  Notre article vous permettra de tout comprendre sur le fonctionnement et l’indemnisation des arrêts de travail des indépendants. Des conditions à respecter, aux montants d’aide accordés jusqu’à leur imposition, Lilycare vous explique tout !



Que faire en cas d’arrêt de travail quand on est indépendant ?


Lorsque vous êtes malade, votre médecin vous prescrit un arrêt de travail pour maladie. Il vous remet un avis d'arrêt de travail, qui doit être envoyé à la CPAM dont vous dépendez dans les 48H. Soit l’avis est télétransmis par le médecin soit c’est à vous de le faire. C’est ce document qui permettra à la CPAM d’enclencher la procédure d’indemnisation pour compenser une partie de votre perte de revenus.

En tant qu’artisan, commerçant, professionnel libéral, freelance, chef d’entreprise ou conjoint collaborateur d’un travailleur indépendant, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières en cas d’arrêt de travail pour maladie (sous conditions de revenus et de durée d’affiliation).

En revanche, cette couverture de base ne concerne pas les avocats.


Quelle protection en cas d’arrêt maladie pour un indépendant ?

En cas d’arrêt de travail, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie. Ces indemnités viennent compenser une partie de la perte de revenus du TNS mais sont très souvent insuffisantes et ne permettent pas de maintenir son niveau de revenu.

Pour en bénéficier, l’indépendant doit remplir certaines conditions :


  • Justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus dans cette activité. 
  • Être à jour de ses cotisations sociales auprès de l’URSSAF.
  • Être dans l’incapacité de poursuivre l’activité professionnelle.
  • Bénéficier d’un arrêt de travail délivré par son médecin traitant.
  • Avoir arrêté son activité 
  • Avoir un revenu d’activité annuel moyen (Raam) sur les 3 dernières années avant l’arrêt au moins égal à 10% de la moyenne des PASS des 3 dernières années.


Quel est le montant de vos IJ en cas d’arrêt maladie ?


Le calcul du montant de vos indemnités journalières est basé sur le revenu d’activité annuel moyen (Raam). Cet indice correspond à la moyenne des revenus professionnels cotisés sur les trois années civiles précédant l'arrêt maladie, dans la limite du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (46 368€ en 2024).

En cas d’arrêt maladie, le montant de vos indemnités journalières est de 1/730e du Raam. Ainsi, l’indemnité journalière des TNS ne pourra pas dépasser 63,51€ en 2024.

La règle est différente pour les professions libérales. Le plafond de revenus annuels est supérieur puisqu’il correspond à 3 PASS (139 104€ en 2024). Leur plafond d’indemnités journalières est donc plus élevé puisqu’il s’élève à 190,55€.

Prenons un exemple, Margaux est travailleuse indépendante sous le statut d’entreprise individuelle. Suite à un accident de la route, elle est en arrêt maladie pour un mois.
Bien que son revenu d’activité annuel moyen (Raam) soit de 51 000 €, elle va percevoir le montant d’IJ maximal au 1er janvier 2024, soit
63,51 € brut par jour. Le montant du PASS (46 368€) étant le plafond maximal pris en compte pour le calcul de L’IJ.

Même si vous venez de lancer votre activité ou que vous percevez de faibles revenus, vous pouvez bénéficier d’une indemnisation. Depuis le 1er janvier 2022, il est en effet possible de percevoir des IJ au titre son ancienne activité salariée.


💡 Bon à savoir

Pour les micro-entrepreneurs, le Raam correspond au chiffre d’affaires annuel déclaré diminué d'un abattement forfaitaire (71 % pour les activités de BIC Vente, 50 % pour BIC Prestations et 34 % pour BNC).


Comment sont versées les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail ?


En cas d’arrêt de travail, les indemnités journalières sont versées par votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie. Celles-ci sont dues à compter du quatrième jour de l’arrêt maladie et sont versées deux fois par mois.

Pendant les trois premiers jours de votre arrêt maladie, vous ne percevez aucune indemnité journalière. C’est ce que la Sécurité Sociale appelle le délai de carence. Celui-ci est obligatoire et s’applique automatiquement à chaque arrêt de travail.

Certaines situations exceptionnelles justifient l’absence de délai de carence pour la perception des indemnités journalières :


  • Prolongation de l’arrêt de travail après une tentative de reprise d’activité infructueuse (délai de 48 h maximum entre la fin de l’arrêt initial et sa prolongation) ;
  • En cas d’affection de longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique que sur le 1er arrêt de travail, même en cas de prolongation pendant une période de trois ans.


L’Assurance Maladie verse les indemnités journalières aux indépendants durant une période de 360 jours maximum étalée sur 3 ans.

Pour les professions libérales, les IJ sont versées pendant 90 jours maximum. Au-delà de 90 jours, certains régimes de prévoyance prennent le relais mais pas tous. 


Comment sont imposées les indemnités journalières pour les indépendants ? 


Même en cas d'arrêt de travail, vos revenus perçus sont soumis à l’impôt. Les indépendants doivent déclarer les indemnités journalières qui leur ont été versées par l’Assurance Maladie.

Ces indemnités journalières sont soumises : 

  • Aux prélèvements sociaux. Cela représente 0,5 % pour la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) et 6,2 % de contribution sociale généralisée (CSG) ;
  • À l’impôt sur le revenu, sauf en cas d’ALD.


Depuis le 1er janvier 2019, le versement des indemnités journalières bénéficie du prélèvement à la source. L’Assurance Maladie verse directement l’impôt sur le revenu correspondant à l’administration fiscale.


Comment augmenter votre couverture en cas d’arrêt de travail ? 


Pour maintenir votre niveau de vie, les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie sont insuffisantes. Heureusement, une solution existe pour maintenir vos revenus en cas d’incapacité à travailler : la prévoyance individuelle.

Les contrats de prévoyance individuels protègent l’indépendant en cas d’incapacité à exercer son activité suite à une maladie, un accident ou une hospitalisation. Le montant des indemnités journalières est complété par une prestation versée par la compagnie d'assurance selon les modalités du contrat. Selon le niveau de couverture choisi, la prévoyance individuelle peut vous permettre d'améliorer votre indemnisation globale voire de maintenir votre niveau de revenu habituel.

Grâce à votre statut d’indépendant, vous pouvez bénéficier d’un contrat de prévoyance en loi Madelin. Il permet alors de déduire le montant des cotisations d'assurance de vos revenus d’activité. Cela ne concerne pas en revanche les auto-entrepreneurs.


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