Artisans, commerçants, professions libérales ou auto-entrepreneurs, vous n’êtes pas à l’abri d’un pépin de santé ou d’un accident vous empêchant d’exercer votre activité. En tant que travailleur indépendant, un arrêt maladie peut être lourd de conséquences. L’impossibilité de travailler peut entraîner une perte de revenus parfois importante selon la durée d’indisponibilité.  Notre article vous permettra de tout comprendre sur le fonctionnement et l’indemnisation des arrêts de travail des indépendants. Des conditions à respecter, aux montants d’aide accordés jusqu’à leur imposition, Lilycare vous explique tout, même les solutions d'assurance prévoyance pour vous aider à maintenir vos revenus dans ce cas.

Que faire en cas d’arrêt de travail quand on est indépendant ?

Lorsque vous êtes dans l'incapacité de travailler, votre médecin vous prescrit un arrêt de travail pour maladie. Il vous remet un avis d'arrêt de travail, qui doit être envoyé à la CPAM dont vous dépendez dans les 48H. Soit l’avis est télétransmis par le médecin soit c’est à vous de le faire. C’est ce document qui permettra à la CPAM d’enclencher la procédure d’indemnisation pour compenser une partie de votre perte de revenus.

En tant que TNS, artisan, commerçant, professionnel libéral comme les notaires ou les dentistes par exemple, freelance, chef d’entreprise ou conjoint collaborateur d’un travailleur indépendant, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières du régime général de la Sécurité Sociale en cas d’arrêt de travail pour maladie, accident ou hospitalisation (sous conditions de revenus et de durée d’affiliation). Vous bénéficiez quasiment des mêmes droits qu'un salarié, à la différence que lui bénéficie en plus d'une indemnisation par son employeur.

En revanche, cette couverture prévoyance de base de la Sécurité Sociale ne concerne pas les avocats qui bénéficient d'un système d'indemnisation avocats spécifique, géré par une caisse de prévoyance dédiée, la CNBF.

Tout comme les salariés, vous devez cesser toute activité professionnelle pour être indemnisé (même pour votre propre entreprise) et respecter les horaires de sortie autorisée de votre domicile, indiqués sur votre certificat d’arrêt de travail.

Quelle protection en cas d’arrêt maladie pour un indépendant ?

En cas d’arrêt de travail, les travailleurs indépendants peuvent bénéficier d’indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie. Ces indemnités viennent compenser une partie de la perte de revenus des TNS mais sont insuffisantes pour maintenir son niveau de vie.

Pour en bénéficier, l’indépendant doit remplir certaines conditions :

• Justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus dans cette activité. 

• Être à jour de ses cotisations sociales auprès de l’URSSAF.

• Être dans l’incapacité de poursuivre l’activité professionnelle, en raison d’une maladie ou d’un accident.

• Bénéficier d’un arrêt de travail délivré par son médecin traitant.

• Avoir arrêté son activité 

• Avoir un revenu d’activité annuel moyen (Raam) sur les 3 dernières années avant l’arrêt au moins égal à 10% de la moyenne des PASS des 3 dernières années (4582€ en 2026)

  
  

💡 Bon à savoir
Même si vous venez de lancer votre activité ou que vous percevez de faibles revenus, vous pouvez bénéficier d’une indemnisation. Depuis le 1er janvier 2022, il est en effet possible de percevoir des IJ au titre son ancienne activité salariée.

Quel est le montant de vos IJ en cas d’arrêt maladie ?

En cas d’arrêt maladie, le montant de vos indemnités journalières est de 1/730e du Raam (revenu d'activité annuel moyen). Cet indice correspond à la moyenne des revenus professionnels cotisés sur les trois années civiles précédant l'arrêt maladie, dans la limite du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (48 060€ en 2026).

Ainsi, l’indemnité journalière des TNS affiliés à la Sécurité Sociale des Indépendants ne pourra pas dépasser 65,84€ en 2026.

La règle est différente pour les professions libérales affiliées à l'une des caisses de la CNAVPL qui, depuis 2021, bénéficient du même système d'indemnisation de la part de la Sécurité Sociale. Leur plafond de revenus annuels est en effet supérieur puisqu’il correspond à 3 PASS (144 180€ en 2026). Leur indemnité journalière est donc de 197,51€ maximum en 2026.

💡 Bon à savoir

Pour les micro-entrepreneurs, le Raam correspond au chiffre d’affaires annuel déclaré diminué d'un abattement forfaitaire :

• 71 % pour les activités de BIC Vente,

• 50 % pour BIC Prestations

• 34 % pour BNC

Comment sont versées les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail ?

En cas d’arrêt de travail, les indemnités journalières sont versées par votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM).

Elles sont dues après un délai de carence obligatoire de 3 jours, et sont versées deux fois par mois.

Certaines situations exceptionnelles justifient l’absence de délai de carence pour la perception des indemnités journalières :

• Prolongation de l’arrêt de travail après une tentative de reprise d’activité infructueuse (délai de 48 h maximum entre la fin de l’arrêt initial et sa prolongation) ;

• En cas d’affection de longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique que sur le 1er arrêt de travail, même en cas de prolongation pendant une période de trois ans.

  
  
  

L’Assurance Maladie verse les indemnités journalières aux indépendants durant une période maximum de 360 jours étalée sur 3 ans.

Pour les professions libérales affiliées à la CNAVPL, les IJ de l'Assurance Maladie sont versées pendant 90 jours. Au-delà de cette période, certains régimes de prévoyance prennent le relais mais pas tous. Cela dépend de la profession.

Comment sont imposées les indemnités journalières pour les indépendants ? 

Même en cas d'arrêt de travail, vos revenus perçus sont soumis à l’impôt. Les indépendants doivent déclarer les indemnités journalières qui leur ont été versées par l’Assurance Maladie.

Ces indemnités journalières sont soumises : 

• Aux prélèvements sociaux avec un taux de 0,5 % pour la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) et un taux de 6,2 % de contribution sociale généralisée (CSG) ;

• À l’impôt sur le revenu, sauf en cas d’ALD.

Depuis le 1er janvier 2019, le versement des indemnités journalières bénéficie du prélèvement à la source. L’Assurance Maladie verse directement l’impôt sur le revenu correspondant à l’administration fiscale, facilitant ainsi les démarches administratives pour les travailleurs indépendants.

Comment augmenter votre couverture en cas d’arrêt de travail ? 

Pour maintenir votre niveau de vie, les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie sont insuffisantes. Pour compléter cette indemnisation prévue par le régime général, une solution existe : une prévoyance individuelle complémentaire, adaptée à vos besoins.

Les contrats de prévoyance individuels vous protègent en cas d’incapacité à exercer votre activité suite à une maladie, un accident ou une hospitalisation.

Le montant des indemnités journalières de l'Assurance Maladie est complété par une indemnité versée par la compagnie d'assurance selon les modalités du contrat. Selon le niveau de couverture choisi, la prévoyance individuelle complémentaire peut vous permettre d'améliorer votre indemnisation globale voire de maintenir votre niveau de revenu habituel. 

Choisir sa prévoyance d'indépendant ne doit pas se faire à la légère. Une couverture inadaptée ne vous protègera pas comme il le faut malgré le versement de votre cotisation. C'est pourquoi nous vous conseillons de faire appel à un courtier spécialisé en prévoyance comme Lilycare pour souscrire le contrat adapté et vous accompagner éventuellement sur la souscription d'une mutuelle.

💡 Bon à savoir

Grâce à votre statut d’indépendant, vous pouvez bénéficier d’un contrat de prévoyance éligible à la loi Madelin. Il permet alors de déduire le montant des cotisations d'assurance de vos revenus d’activité. Cet avantage fiscal est également valable sur la souscription d'une mutuelle santé. Il ne concerne pas en revanche les contrats de prévoyance auto-entrepreneurs.