Arrêt de travail long : quelles sont les règles ?

Un arrêt de travail long, aussi appelé arrêt maladie de longue durée, bouleverse le quotidien du salarié ou du travailleur indépendant. Il entraîne une rupture prolongée avec l'activité professionnelle et soulève de nombreuses questions : quelles sont les maladies concernées ? Quelles conditions faut-il remplir pour être indemnisé ? Comment percevoir les indemnités journalières ? Que se passe-t-il en fin de droits ? Cet article décrypte les règles applicables à un arrêt de travail long, que vous soyez salarié ou indépendant.

Qu'est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?

Un arrêt de travail long correspond à une interruption de travail consécutive à une maladie ou un accident, dépassant 6 mois consécutifs. Il est souvent lié à une affection de longue durée (ALD), qu'elle soit exonérante ou non, c’est à dire qu’elle ouvre droit ou non à une prise en charge à 100 % par l’Assurance Maladie des soins en rapport avec cette affection, sans reste à charge pour le patient.

Il doit être prescrit par un médecin et transmis à la CPAM et à l'employeur (pour les salariés) dans un délai de 48 heures.

Existe-t-il des conditions pour être en arrêt de travail de longue durée indemnisé ?

Que vous soyez salarié ou indépendant, vous devez remplir des conditions d'affiliation et de cotisation pour bénéficier d'une indemnité maladie :

• être affilié depuis au moins 12 mois à la Sécurité Sociale;
• pour les salariés, avoir travaillé au moins 600 heures ou cotisé sur un revenu équivalent à 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 mois précédents.
• pour les indépendants, votre revenu d'activité annuel moyen (Raam) des 3 années civiles d'activité précédant votre arrêt de travail soit être supérieur à 10 % de la moyenne des valeurs annuelles du plafond de la sécurité sociale (Pass) en vigueur au cours des 3 années considérées (4 383,20 € en 2025)

Passé 6 mois d’arrêt, votre situation est réévaluée par un médecin-conseil de l’assurance maladie. Il valide ou non la poursuite de l’arrêt et le versement des indemnités.

Quelles sont les maladies reconnues pour un arrêt maladie longue durée ?

Il existe deux types d’ALD : les exonérantes et les non exonérantes. La liste des ALD exonérantes comprend environ 30 affections graves ou chroniques nécessitant un traitement prolongé et particulièrement coûteux (cancer, diabète de type 1, sclérose en plaques, Parkinson, Alzheimer etc.). 

Les maladies non exonérantes peuvent justifier un arrêt prolongé, mais sans exonération du ticket modérateur. Exemple : arthrose, glaucome, hypothyroïdie…

L'ALD doit être reconnue via un protocole de soins établi par votre médecin traitant et validé par le médecin-conseil.

Quelles sont les indemnités pour un arrêt de travail de plus de 6 mois ?

Le cas des salariés

Les salariés peuvent percevoir des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale. Ces indemnités sont égales à 50 % du salaire journalier de base, sur la moyenne des 3 derniers bulletins de salaire. Le salaire maximum pris en compte pour le calcul équivaut à 1,4 Smic (2 522,57 € bruts) depuis le 1er avril 2025. Elles sont donc plafonnées à environ 42 €/jour et sont versées après un délai de carence de 3 jours, pendant 3 ans maximum.

Certaines conventions collectives prévoient un complément de salaire par l’employeur afin de maintenir les revenus. 

Le cas des travailleurs indépendants 

Les indépendants reçoivent également des indemnités journalières de la part de l’assurance maladie. Ces indemnités journalières sont calculées sur la moyenne des revenus des 3 dernières années. Elles sont plafonnées à 64,52 € bruts/jour en 2025 et versées après un délai de carence de 3 jours, pour une durée maximale 360 jours sur 3 ans ou pendant 3 années consécutives en cas d’ALD.

Peut-on suspendre les indemnités journalières pour un long arrêt de travail ?

Pour bénéficier des indemnités journalières, le patient doit respecter certaines obligations. Ainsi, plusieurs cas peuvent entraîner une suspension :

• Arrêt non justifié médicalement ou non renouvelé,
• Refus de se soumettre au contrôle médical,
• Dépassement de la durée maximale d'indemnisation,
• Non-respect du protocole ou du repos prescrit,
• Inexactitude dans les déclarations.

Que se passe-t-il en fin de droit d’un long arrêt de travail ?

La fin des indemnités journalières

Lorsque la durée maximale d'indemnisation est atteinte, la prise en charge par l'assurance maladie cesse, que l'on soit salarié ou travailleur indépendant. Cette fin de droits peut survenir après 360 jours d'indemnités journalières sur une période de 3 ans pour une maladie non reconnue comme ALD, ou après 3 ans dans le cadre d’une affection de longue durée exonérante.

Les options possibles pour les salariés

Pour les salariés, la fin des indemnités ne signifie pas nécessairement la fin du contrat de travail. Le salarié peut être convoqué à une visite de pré-reprise ou à une visite de reprise avec le médecin du travail. Elle permet d’anticiper les conditions de retour et d’identifier les besoins éventuels d’aménagement du poste ou d’accompagnement. Le médecin du travail peut proposer des horaires adaptés, une reprise à temps partiel thérapeutique, une reconversion ou un reclassement si l’état de santé le justifie. Cette visite est organisée à l’initiative du salarié, de son médecin traitant ou de la CPAM. Elle n’est pas obligatoire.

Le temps partiel thérapeutique permet de reprendre progressivement une activité professionnelle, tout en continuant à percevoir une partie des indemnités journalières. Il est prescrit par le médecin traitant et validé par le médecin-conseil de l’Assurance Maladie. L’accord de l’employeur est nécessaire dans le secteur privé.

Si le médecin du travail constate une inaptitude à reprendre le poste occupé, l’employeur devra tenter un reclassement c'est-à-dire proposer un poste compatible avec l’état de santé du salarié, dans la mesure du possible. À défaut de solution adaptée, un licenciement pour inaptitude médicale peut être envisagé. Dans certains cas, un passage en invalidité peut être recommandé par le médecin-conseil de la Sécurité sociale.

Les options possibles pour les travailleurs indépendants

Concernant les travailleurs indépendants, il leur appartient de prendre les devants pour envisager une reprise d’activité progressive, une reconversion ou un changement de statut. Le temps partiel thérapeutique est possible mais encadré, et nécessite l'accord du médecin-conseil. 

Les indépendants peuvent également être reconnus en invalidité, à condition que leur capacité de travail soit réduite d’au moins deux tiers. S’ils remplissent les conditions (durée d’affiliation, cotisations suffisantes), ils peuvent percevoir une pension d’invalidité attribuée par leur caisse (SSI, caisse professionnelle de la CNAVPL…). 

Par ailleurs, Il est fortement conseillé de se rapprocher de sa caisse de retraite ou des instances comme le CPSTI pour bénéficier d’un accompagnement personnalisé (bilan de compétences, aide à la reconversion, dispositifs de soutien financier ponctuels). 

Dans tous les cas, salarié comme indépendant, anticiper la fin de droits permet de mieux gérer cette transition en limitant les risques de rupture de droits sociaux ou de désinsertion professionnelle.

Quel impact sur la retraite et la validation des trimestres ?

Durant un arrêt maladie long, il est possible de continuer à valider des trimestres pour la retraite, à condition de percevoir un minimum d’indemnités journalières. En 2025, un trimestre est validé si vous touchez environ 1 700 € brut d’indemnités dans l’année. Jusqu’à 4 trimestres peuvent ainsi être validés par an, même sans exercer d’activité.

Cependant, cette validation de trimestres ne signifie pas que vous cotisez pour l’ensemble de vos régimes (notamment complémentaires), ce qui peut entraîner une baisse de vos droits futurs à pension, notamment pour les cadres ou les professions ayant un régime complémentaire fort.

Pour les travailleurs indépendants, les règles sont similaires, mais dépendent du régime d’affiliation :

• les artisans, commerçants et auto-entrepreneurs relèvent de la SSI,
• les professions libérales dépendent de la CIPAV ou d’une autre caisse professionnelle de la CNAVPL selon leur profession (CARCDSF pour les dentistes et les sages femmes, CARMF pour les médecins, CAVP pour les pharmaciens...)

Dans tous les cas, il est fortement conseillé de se rapprocher de sa caisse de retraite pour connaître les règles précises, les seuils à respecter, et les effets d’un arrêt prolongé sur la carrière. Certaines caisses proposent un accompagnement ou des simulateurs pour mesurer l’impact de l’arrêt sur la future pension.

Un arrêt long peut donc affecter votre retraite, surtout s’il s’inscrit dans une période de faibles revenus ou de rupture d’activité. Il est donc essentiel d’anticiper ces conséquences et, si possible, de les compenser par des dispositifs comme la retraite progressive, des rachats de trimestres ou des versements volontaires.

L’arrêt de travail long répond à des règles strictes, tant pour les salariés que pour les travailleurs indépendants. Il est essentiel de connaître ses droits et de respecter les délais, notamment pour garantir le versement des indemnités journalières. Les travailleurs indépendants doivent porter une attention particulière à leurs cotisations sociales et à la déclaration de revenus. En fin de droits, des solutions existent pour préparer le retour à l’emploi ou envisager une reconversion, en lien avec l’état de santé du bénéficiaire.